حين ننظر للوهلة الأولى للمسجد من الخارج يتبادر إلى ذهننا حداثة هذا المسجد ولكن عند الدخول إلى المسجد حيث نجد العناصر المعمارية القديمة من عقود وأقواس وفتحات خاصة في بيت الصلاة وغيرها من الفراغات الأخرى. وبالنسبة للمدخل فهو عبارة عن شكل قوس غاطس إلى الداخل تعلوه لوحة تعريفية بالمسجد مخطوط عليها لا إله إلا الله محمد رسول الله عليها مسجد السيدة رقية تأسس بحمد الله في 17 رمضان سنة 720 هجري. وهذا المدخل تحده أحجار أخرى تأخذ نفس شكل الباب المقوس ولكن بشكل بارز إلى الخارج وذلك بهدف تأكيد المدخل. ثم يتم الانتقال من المدخل إلى ممر يبلغ عرضة حوالي متر واحد يوجد على يساره حمام ثم بعض الخروج من هذا للممر يتم الانتقال إلى بيت الصلاة. حيث ينقسم بيت الصلاة إلى قسمان، القسم الأول والمغطى بسقف من الزينكو والذي يرجع إلى 50 عاما تقريبا حيث نجد في هذا القسم ميضأة مازالت تحتفظ بعناصرها القديمة من بلاط مموج من الألوان المختلفة والمائلة إلى اللون البني.   وهذا القسم من بيت الصلاة يوجد به بلاطات حديثة لم يتم تحديد الفترة التي أضيفت فيه. وأما القسم الثاني من بيت الصلاة وهو يتكون من غرفتين بسماحة 75 متر مربع يفصلهما قوس من العقود.  وأما الغرفة الأولى فيوجد بها محراب الصلاة بشكل غاطس في الحائط على هيئة فتحة مقوسة وهي تتكون من أربعة عقود، حيث عند تقابل كل عقدين متجاوران يكونان المثلثات الكروية مع ملاحظة أن هذه العقود تأخذ تشكيل بالحائط بكونها غاطسة عن الحائط. وبالنسبة للغرفة الثانية الموجودة بهذا القسم فيوجد بها غطسة أخرى تستخدم كمكان لوقوف الإمام، وعولجت هذه الغرفة بنفس النظام الذي عولجت به الغرفة التي الأخرى. كما أن علاقة القسم الأول مع الغرفة الأولى فيكون من خلال حائط يوجد به نافذتان وباب، وأما النافذتان فتأخذان الشكل المستطيل بإطار بني اللون، والباب يعلوه قوس مفتوح يستخدم كنافذة. ويوجد في المسجد ايضا مكتبة يبلغ مساحتها 15 متر مربع يوجد داخلها غطس بالحائط كانت تستعمل كخزانة. ويوجد ايضا مكان يبلغ مساحته 10 متر مربع يستخدم كمكان للتخطيط وله مدخل خاص به من شارع بغداد وليس من داخل المسجد.

      لمسجد الست رقية قيمة تاريخية حيث يؤرخ لبنائه وهو يحمل اسم زوجة أحد الحكام الذين تولوا الحكم في غزه في العهد العثماني، كما أنه يؤرخ لنظام الوقف حيث كان له أوقاف محلات يعود ريعها على المسجد. كذلك للمسجد قيمة دينية باعتبار استمرار الصلاة فيه منذ تأسيسه وحتى اليوم.